Die Geschichte von Soul Eater dreht sich um Schüler der Shibusen (死神武器職人専門学校, Shinigami Buki Shokunin Semmon Gakkō, dt. „Todesgott-Waffenhandwerker-Fachschule“) in Death City. Die Schule wird von Shinigami (dt. Totengott) geleitet und dient dem Training der Waffen und Meister. Jeder Meister besitzt mindestens eine Waffe als Begleiter, die sowohl eine Waffen- als auch eine Menschenform besitzt. Shinigami gründete die Schule, um den Frieden zu wahren und die Geburt der Kishin – dämonische Götter, die die Welt ins Chaos stürzen können – zu verhindern. Unter Death City ist der letzte Kishin versiegelt und wird von Shinigami unter Kontrolle gehalten, weswegen Shinigami die Stadt nicht verlassen kann.
Da menschliche Seelen, die böse geworden sind, Gefahr laufen zu einem Kishin zu werden, jagen und töten die Schüler von Shibusen die verdorbenen Seelen. Das Ziel der Schüler ist es, mit ihren Waffen 99 böse Seelen und die Seele einer Hexe zu sammeln. Nachdem diese von der Waffe verspeist wurden, steigt deren Kraft so weit, dass diese auch von Shinigami benutzt werden kann. Um sicherzustellen, dass dies in einer angemessenen Zeit passiert, müssen die Schüler den Unterricht in Shibusen besuchen und erhalten auch Hausaufgaben und Nachhilfestunden. Unter den Meistern gibt es ein Bewertungssystem, welches hauptsächlich die Stärke der Seelenenergie misst. Hierbei ist auch wichtig, dass der Meister und die Waffe ihre Seelenfrequenz aneinander anpassen können, um stärkere Attacken auszuführen.
Zu Beginn der Handlung sind Maka Alban und ihre Waffe Soul Eater diesem Ziel sehr nahe, da sie bereits 99 verdorbene Seelen gesammelt haben. Als Soul Eater davon erfährt, dass sie nur noch die Seele einer Hexe benötigen stürzt er sich übereifrig in das nächstgelegene Hexenhaus und fordert die dort wohnende Blair (ブレア) zum Kampf heraus, nachdem er durch einen übereifrigen Sprung zu ihr in die Badewanne fiel. Jedoch gestaltet sich der Kampf sehr schwierig, da Blair über gute magische Fähigkeiten verfügt und Soul Eater bei ihrem Anblick Nasenbluten bekommt. Nach mehreren Kämpfen gelingt es Soul Eater durch einen Trick, bei dem er vorspielt Maka wegen Blair verlassen zu wollen, Blair zu töten. Als er ihre Seele verspeist passiert trotz anfänglicher Euphorie – nichts. Blair ist nämlich gar keine Hexe sondern eine Katze die über magische Kräfte verfügt und menschliche Gestalt annehmen kann. Zu allem Überfluss werden alle bisher gesammelten Seelen von Shinigami konfisziert. Damit sind sie wieder auf dem gleichen Niveau angekommen wie ihr Schulkamerad Black Star und deren Waffe Tsubaki Nakatsukasa. Die beiden haben auch ein ernsthaftes Problem Seelen zu sammeln, da Black Star jeden Kampf in eine Showeinlage verwandelt und das eigentliche Ziel vollkommen aus den Augen verliert. Zu den vieren gesellen sich noch der Sohn des Shinigami Death the Kid und seine beiden Waffen Patricia "Patty" und Elizabeth "Liz" Thompson, die die Schule eigentlich nicht besuchen müssten. Dennoch versucht er sich auch als Schüler und zeigt seine klare Schwäche für absolute Symmetrie. So kehrt er etwa während seiner Aufträge nach Hause zurück, um sich zu vergewissern, dass sich alles im tadellos symmetrischen Zustand befindet.
Die Ärztin der Schule Medusa (メデューサ) ist jedoch eine getarnte Hexe und schmiedet einen teuflischen Plan um den unter Death City verborgenen Kishin wieder zum Leben zu erwecken.